北京大學已經成為一所擁有自然科學、技術科學、新型工程科學以及人文科學、社會科學、管理科學、教育科學、醫藥科學和語言科學等多種學科的新型綜合性大學，尤其建立了很有特色的北京大學交叉學科研究院，其中包括前沿納米科技、理論與系統生物學和生物醫藥跨學科研究中心等，充分發揮著人才培養、科學研究、社會服務的功能。　目前北京大學的教學單位分為理學部、信息與工程科學部、人文學部、社會科學部、醫學部和跨學科類六大類。
理學部
　　數學科學學院，物理學院，化學與分子工程學院，生命科學學院，地球與空間科學學院，城市與環境學院，心理學系
信息與工程科學部
　　信息科學技術學院，計算機科學技術研究所，軟件與微電子學院，環境科學與工程學院，工學院
人文學部
　　中國語言文學系，歷史學系，考古文博學院，哲學系（宗教學系），外國語學院，藝術學院，對外漢語教育學院
社會科學部
　　國際關系學院，經濟學院，光華管理學院，法學院，信息管理系、社會學系，政府管理學院，馬克思主義學院，教育學院，新聞與傳播學院，人口研究所，國家發展研究院，體育教研部
醫學部
　　基礎醫學院，藥學院，公共衛生學院，護理學院，公共教學部，醫學人文研究院，醫學網絡教育學院，第一醫院，人民醫院，第三醫院，口腔醫院，第六醫院，北京腫瘤醫院，深圳醫院 ，首鋼醫院12所教學醫院
跨學科類
　　元培學院，先進技術研究院，前沿交叉學科研究院，中國社會科學調查中心，分子醫學研究所
深圳研究生院
　　匯豐商學院，國際法學院，人文社會科學學院，化學生物學與生物技術學院，環境與能源學院，信息工程學院，城市規劃與設計學院